Windows10 の Windows Subsystem for Linux(WSL) で、再起動相当のことをするには、コンソールウィンドウを閉じるだけでは出来ません。コンソールを閉じても、バックグラウンドタスクが動作したり（できたり）します。
管理者権限で、LxssManagerサービスを再起動すれば、Windows再起動無しに、WSLを再起動できます。
LxssManager の再起動は次のようにします。
net stop LxssManager net start LxssManager
次のようなバッチファイルを作成して実行すれば、WSL を再起動します。
必要に応じて、管理者権限を得る為に「ユーザアカウント制御」ダイアログが表示されます。
wslreboot.bat
@echo off
cd /d %~dp0
for /f "tokens=3 delims=\ " %%i in ('whoami /groups^|find "Mandatory"') do set LEVEL=%%i
if NOT "%LEVEL%"=="High" (
@powershell -NoProfile -ExecutionPolicy unrestricted -Command "Start-Process %~f0 -Verb runas"
exit
)
net stop LxssManager
net start LxssManager
参考
Rebooting Ubuntu on Windows without rebooting Windows? – Super User
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